יש לבחור מעקר צינורי UHT לפי צמיגות המוצר, חלקיקים, זמן החזקה, עיצוב הניקוי, שיטת המילוי ושילוב הקו.
כאשר מפעל בוחר אמעקר צינורי UHT, השאלות הראשונות הן לרוב טמפרטורה, קיבולת ומחיר המכונה. נקודות אלו חשובות, אך הן אינן מספיקות עבור מיץ פירות, רסק, חלב קוקוס, רוטב עגבניות או פרויקטים אחרים של מזון נוזלי. ההחלטה האמיתית תלויה במאפייני המוצר ובאופן שבו הסטריליזטור עובד עם התהליך במעלה הזרם ובהמשך.
הגורם הראשון הוא החומר עצמו. מיץ שקוף, מיץ NFC, רסק פירות, תרכיז מיץ ומוצרים המבוססים על-עגבניות עשויים להיות בעלי צמיגות, תכולת סיבים, חלקיקים, מוצקים ונטיית עכירות שונות מאוד. הבדלים אלה משפיעים על יעילות העברת החום, התנגדות הצינור, תדירות הניקוי ויציבות-לטווח ארוך.
הגורם השני הוא יעד העיקור. מספר טמפרטורה בודד אינו מתאר את כל התהליך. הטמפרטורה, זמן ההחזקה, קצב הזרימה, עיצוב צינור ההחזקה, בקרת השסתומים ולוגיקת החזרת המוצר כולם משפיעים על הייצור בפועל. עבור מוצרים בעלי צמיגות גבוהה יותר, המערכת צריכה להתחשב גם בירידה בלחץ, במיקום המוצר ובגישה לניקוי.
הגורם השלישי הוא שיטת המילוי. לאחר טיפול בחום, המוצר עשוי לעבור למילוי חם, מילוי קר, מיכל אספטי, אומילוי אספטי. האריזה יכולה להיות בקבוקים, BIB, שקיות-בתוף- או שקיות אספטיות גדולות יותר. אם העיקור והמילוי אינם מתוכננים יחד, יציבות המוצר עלולה להיפגע גם כאשר הסטריליזטור עצמו מצוין בצורה נכונה.
עיצוב ניקיון הוא עוד נקודה מעשית. למחית פירות, תרכיז, חלב קוקוס ורוטב עגבניות,ניקוי CIP/SIPיכול להשפיע על זמן השבתה ועלות התחזוקה. בעיות ייצור רבות אינן נגרמות על ידי עיקור בלבד. הם נובעים מהתאמה לקויה בין מאפייני המוצר, פריסת הצינור, מערכת המילוי ועיצוב הניקוי.
לפני בקשת הצעת מחיר סופית, על המפעלים לאשר את סוג המוצר, צמיגות, תכולת סיבים או חלקיקים, חיי מדף יעד, קיבולת מתוכננת, פורמט אריזה, שיטת מילוי, מצב אחסון, מצב שירות ופריסה של המפעל. בעזרת מידע זה, ניתן לעצב את מערכת העיקור הצינורית UHT קרוב יותר לצרכי הייצור האמיתיים.